役男申請替代役方式如下：
一、 一般替代役
(一) 家庭因素替代役：常備役體位或82年次以前出生替代役體位役男家庭狀況合於下列情形之一者，得於入營前或服替代役在營中，檢具國民身分證、印章、戶籍資料、畢業(休、退學)證明及相關證明文件，逕向戶籍地公所申請。
1. 役男家屬均屬60歲以上、未滿18歲。
2. 役男育有子女或配偶懷孕。
3. 役男家屬患有身心障礙或重大傷病。
4. 役男父母、配偶或兄弟姊妹服兵役期間，因死亡或身心障礙，有撫卹事實。
5. 符合服兵役役男家屬生活扶助實施辦法所定之生活扶助等級。
(二) 宗教因素替代役：常備役或替代役體位役男，因信仰宗教達2年以上，且其心理狀態已不適服常備兵役者，得檢附自傳、理由書、切結書、政府登記立案之宗教團體出具證明文件、役男信仰宗教心理狀態不適服常備兵役證明書、戶籍資料、畢業(休、退學)證明等，逕向戶籍地區公所申請宗教因素替代役。
(三) 專長資格替代役：常備役或82年次以前出生之替代役體位役男，具備各類別需用機關指定之專長證照(含學經歷及專業訓練)者，得於內政部公告受理申請期間內，至內政部役政署網站（http://www.nca.gov.tw）「一般替代役申請作業資訊系統」登錄申請。
二、 研發替代役
役男具國內或符合教育部採認規定之國外大學校院「碩士以上」學歷，得於內政部役政署公告申請期間內，於研發及產業訓儲替代役資訊管理系統(https://rdss.nca.gov.tw)線上登錄報名。