一、一般替代役役男於服役期間參加全民健康保險，其投保單位為內政部役政司，保險費由內政部役政司負擔，凡應徵服替代役役男應憑徵集令影本，於入營前向投保單位辦妥全民健保轉出手續，轉出日期為入營當月份，原健保IC卡不必繳回，請攜帶入營繼續使用，並由內政部役政司統一辦理轉入手續。
二、尚未辦理是項健保轉出手續者，請至所屬鄉（鎮、市、區）公所申請在營證明書，聯繫家屬儘速向原投保單位依前項規定辦理。
三、役男驗退及退役（含提前退役）者，由內政部（役政司）統一辦理轉出手續，依健保法第29條第2項規定：投保當月繳納全月保險費，退保（轉出）當月免繳保險費。故當月（全月）健保費應由役男繳納，請役男依下列證件逕依適當身分向投保單位辦理全民健康保險加保（轉入）手續。
1.替代役役男入營驗退者，憑驗退證明單（內政部役政司出具）辦理。
2.停役（因病或因案）及退役（含提前退役）者，憑停役函、退役（提前退役）證明書（內政部出具）辦理。
四、研發替代役役男於第1、2階段服役期間參加全民健保，其投保單位為內政部役政司 ，保險費由研發替代役基金負擔。役男於第3階段服役期間，其相關保險事項，依勞工保險條例等相關規定辦理，其費用由用人單位負擔。